ВЫЯВЛЕНИЕ РАЗЛИЧИЙ В МИКРОБИОМАХ ТИПИЧНОГО ЧЕРНОЗЕМА В РОССИИ (ПАШНЯ И ЦЕЛИНА)

Горбачева М.А., Чуриков Н.А.

Email: Gorbacheva639@scientifictext.ru

Горбачева Мария Александровна – кандидат биологических наук, инженер-исследователь;

Чуриков Николай Андреевич - доктор биологических наук, профессор, заведующий лабораторией,

лаборатория эпигенетических механизмов регуляции экспрессии генов,

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта,

г. Москва.

Аннотация: традиционные методы в анализе микробного разнообразия почв дают грубые и неоднозначные результаты. Даже секвенирование по 16S рРНК имеет существенные ограничения по идентификации организмов на уровнях семейств и видов. С помощью глубокого секвенирования можно более детально охарактеризовать микробиомы в различных видах черноземов. В данной работе с помощью глубокого секвенирования и метагеномного анализа исследована таксономическая структура типичного чернозема южной части России под целиной и пашней.

Ключевые слова: целина, пашня, чернозем, микробиом, глубокое секвенирование, микроорганизмы, грибы.

IDENTIFICATION OF DIFFERENCES IN MICROBIOMES OF TYPICAL CHERNOZEM IN RUSSIA (ARABLE LAND AND VIRGIN LAND)

Gorbacheva M.A., Tchurikov N.A.

Gorbacheva Maria Alexandrovna – PhD, Engineer-Researcher;

Tchurikov Nikolay Andreevich - Doctor of Biological Sciences, Professor,

LABORATORY MANAGER OF THE EPIGENETIC MECHANISMS OF REGULATION OF GENE EXPRESSION,

INSTITUTE OF MOLECULAR BIOLOGY BY V.A. ENGELHARDT,

MOSCOW

Abstract: traditional methods of soil analysis give crude and ambiguous results in the analysis of microbial diversity. Even the sequencing of more than 16S rRNA has significant limitations in identifying organisms at the family and species level. With the help of deep sequencing, it is possible to characterize microbiomes in different types of chernozems in more detail. In this work, using deep sequencing and metagenomic analysis, the taxonomic structure of a typical chernozem of the southern part of Russia under virgin land and arable lands was studied.

Keywords: virgin soil, cropland, Kursk chernozem, microbiomes, deep sequencing, microorganisms, fungi.

Список литературы / References

Albertsen M., Hansen L.B., Saunders A.M., Nielsen P.H., Lehmann N.K., 2011. A metagenome of a full-scale microbial community carrying out enhanced biological phosphorus removal.
Amann R.I., Ludwig W. & Schleifer K.H., 1995. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation. Microbiol Rev 59: 143–169.
Baldrian P., Kolarik M., Stursova M., Kopecky J., Valaskova V. et al., 2011. Active and total microbial communities in forest soil are largely different and highly stratified during decomposition. ISME J.
Bartram A.K., Lynch M.D., Stearns J.C., Moreno-Hagelsieb G., Neufeld J.D., 2011. Generation of multi-million 16S rRNA gene libraries from complex microbial communities by assembling paired-end Illumina reads. Appl Environ Microbiol 77: 3846–3852.
Bergmann G.T., Bates S.T., Eilers K.G., Lauber C.L., Caporaso J.G. et al., 2011. The under-recognized dominance of Verrucomicrobia in soil bacterial communities. Soil Biol and Biochem 43: 1450–1455.
Biddle J.F., Fitz-Gibbon S., Schuster S.C., Brenchley J.E., House C.H., 2008. Metagenomic signatures of the Peru Margin subseafloor biosphere show a genetically distinct environment. Proc Natl Acad of Sci USA 105: 10583–10588.
Buee M., Reich M., Murat C., Morin E., Nilsson R.H. et al., 2009. 454-pyrosequencing analyses of forest soil reveal an unexpectedly high fungal diversity.
Cantarel B.L., Coutinho P.M., Rancurel C., Bernard T., Lombard V. et al., The Carbohydrate-Active EnZymes database (CAZy): an expert resource for Glycogenomics. Nucl Ac Res 37: D233–238.
Cole J.R., Chai B., Marsh T.L., Farris R.J,. Wang Q. et al., 2003. Ribosomal Database Project. The Ribosomal Database Project (RDP-II): previewing a new autoaligner that allows regular updates and the new prokaryotic taxonomy. NuclAc Res 31: 442–443.
Courty P.E., Buee M., Diedhiou A.G., Frey-Klett P., Le Tacon F. et al., 2010. The role of ectomycorrhizal communities in forest ecosystem processes: new perspectives and emerging concepts. Soil Biol and Biochem 42: 679–698.

Ссылка для цитирования данной статьи

Тип лицензии на данную статью – CC BY 4.0. Это значит, что Вы можете свободно цитировать данную статью на любом носителе и в любом формате при указании авторства.

Электронная версия. Горбачева М.А., Чуриков Н.А. ВЫЯВЛЕНИЕ РАЗЛИЧИЙ В МИКРОБИОМАХ ТИПИЧНОГО ЧЕРНОЗЕМА В РОССИИ (ПАШНЯ И ЦЕЛИНА)// Вестник науки и образования №3 (39), 2018. [Электронный ресурс]. URL: http://scientificjournal.ru/images/PDF/2018/VNO-39/vyyavlenie-razlichij.pdf (Дата обращения: ХХ.ХХ.201Х).

Печатная версия. Горбачева М.А., Чуриков Н.А. ВЫЯВЛЕНИЕ РАЗЛИЧИЙ В МИКРОБИОМАХ ТИПИЧНОГО ЧЕРНОЗЕМА В РОССИИ (ПАШНЯ И ЦЕЛИНА) // Вестник науки и образования №3 (39), 2018, C. {см. журнал}.